早期的搜索引擎与网站目录工作原理差不多，甚至把目录页称为搜索引擎的一种。
搜索引擎指的是由机器人程序沿着链接爬行和抓取网上页面，存入数据库，经程序处理，用户在搜索框输入关键词后，搜索引擎排序程序从数据库中挑选出相关页面显示给用户，这些都是搜索引擎自动处理。
网站目录则是一套人工编辑的分类目录，由编辑人员人工创建多个层次的分类，站长可以在不同分类里提交网站，目录编辑在后台审核所提交的网站，将网站放置于相应的分类页面。比较有名的网站目录包括雅虎、好123等。网站目录也常有一个搜索框，但目录的数据来源是人工编辑得到的。
搜索引擎和目录两者各有优劣：
搜索引擎收录的页面数远远高于目录能收录的页面数。但搜索引擎收录的页面质量参差不齐，对网站内容和关键词提取的准确性通常也没有目录高。
网站目录能收录的通常只是网站首页，而且规模十分有限，但收录的网站通常质量比较高。目录收录网站时存储的页面标题、说明文字都是人工编辑的，比较准确。
搜索引擎数据更新快，而网站目录中收录的很多网站不够及时。
曾经搜狐目录、hao123目录等曾经是用户在网上寻找信息的主流方式，但是随着搜索引擎发展起来，网站目录被使用迅速减少，现在网站目录对SEO的最大意义是建设外部链接。